Le Mordor est situé dans le sud-est de la partie de la Terre du Milieu qui apparaît sur les cartes, c'est-à-dire le nord-ouest de ce continent. Il est entouré au nord par le Rhovanion, à l'ouest par le Gondor, au sud par le Harad, au sud-est par le Khand, à l'est par le Rhûn.
Le pays a la forme d'un rectangle ouvert à l'Est, dont les côtés sont constitués par des chaînes de montagnes : l’Ered Lithui (« Monts de Cendre ») au nord et l’Ephel Dúath (« Montagnes de l'Ombre ») à l'ouest et au sud. Les deux chaînes se rejoignent au nord-ouest du rectangle, délimitant la vallée d'Udûn.
Le coin nord-ouest du pays est occupé par le plateau de Gorgoroth, où se trouvent l'Orodruin et Barad-dûr. Au sud-est du Mordor s'étend une grande mer intérieure, la mer de Núrnen ou lac Núrnen. Les plaines de Nurn, qui entourent cette mer intérieure, sont séparées du plateau de Gorgoroth par des avancées de l'Ered Lithui et de l'Ephel Dúath.

L'histoire du Mordor est étroitement liée à celle de Sauron, qui a en fait son fief dès le Second Âge. Il s'y installe vers l'an 1000 de ce dernier, pour s'opposer à la puissance grandissante des Númenoréens sur les côtes de la Terre du Milieu. Près de 600 ans plus tard, il achève la construction de la forteresse de Barad-dûr et forge l'Anneau Unique dans l'Orodruin.
En 1693, Sauron entre en guerre contre les Elfes d'Eregion et envahit l'Eriador, mais il est vaincu par les Númenóréens et se retranche au Mordor. Son influence s'étend sur les Hommes du Sud et de l'Est, et seul le nord-ouest de la Terre du Milieu, où règne Gil-galad, et les côtes, où les Númenóréens établissent des colonies fortifiées, échappent à son emprise.
Sauron quitte le Mordor en 3262 et est emmené en otage à Númenor par le roi Ar-Pharazôn, qu'il corrompt et convainc d'attaquer les Valar. Suite à cette guerre impie, Númenor est submergée en 3319 ; le corps de Sauron est détruit par le cataclysme, mais son esprit retourne à Barad-dûr où il reprend lentement des forces. Le Mordor se prépare alors à attaquer le jeune royaume de Gondor, fondé par des Númenóréens ayant échappé à la Submersion.
En 3429, Minas Ithil tombe aux mains du Mordor, et l'Arbre Blanc est brûlé. L'année suivante, Gil-galad et Elendil concluent la Dernière Alliance des Elfes et des Hommes. En 3434, les armées du Mordor sont vaincues à la bataille de Dagorlad, et la Dernière Alliance pénètre dans le Mordor par la Morannon et assiège Barad-dûr. Après sept années de conflit, Sauron tente de briser le siège en effectuant lui-même une sortie, mais il est vaincu en combat singulier par Gil-galad et Elendil, dont le fils, Isildur, s'empare de l'Anneau unique. Sauron est privé de son enveloppe corporelle, et sa défaite marque la fin du Second Âge.

Après la défaite de Sauron, le Mordor devient une terre vide. Les Gondoriens rasent Barad-dûr, mais les fondations de la tour restent en place. Ils construisent de nombreuses fortifications pour surveiller le pays : les tours de Carchost et Narchost, à l'entrée de la Morannon, le château de Durthang dans l'Ephel Dúath, ou encore la citadelle de Cirith Ungol. Si la vigilance est constante au début, elle faiblit lentement ; en 1636 du Troisième Âge, les forts sont définitivement désertés à cause de la Grande Peste qui ravage le Gondor.
En 1980, le Roi-Sorcier retourne au Mordor et y rassemble les Nazgûl. Ils mettent le siège devant Minas Ithil en 2000, et la ville tombe une nouvelle fois aux mains du Mordor deux ans plus tard. Elle est rebaptisée Minas Morgul, et Sauron s'empare de son palantír.
Dès lors, Sauron dirige le Mordor à distance, depuis son repaire de Dol Guldur, à travers les Nazgûl, préparant ainsi son retour. En 2941, après la bataille des Cinq Armées et l'attaque de Dol Guldur par le Conseil Blanc, Sauron regagne le Mordor. Dix ans plus tard, il se déclare à nouveau ouvertement. Il entreprend la reconstruction de Barad-dûr et l'Orodruin entre à nouveau en éruption.
Pour pallier les préparatifs de la Guerre de l'Anneau, Sauron fait cultiver des champs dans la plaine de Núrn2 tandis qu'il concentre ses forces sur la plaine de Gorgoroth et aux alentours de Minas Morgul.

Durant le Quatrième Âge, les terres du Mordor ne sont plus que ruines et cendres encore fumantes d'un vestige passé. Le sol est fendu, et il n'est possible d'en tirer quoique ce soit. Y grouille encore quelques troupes Orques et Gobelines, et d'autres créatures encore qui patientent, terrées dans les fentes de la pierre des montagnes en attendant que leur heure vienne.